Την 13η του Ιουλίου μηνός ανάμνησης του εν Κερκύρα γεγονότος θαύματος παρά του εν αγίοις Πατρός ημών Σπυρίδωνος του Θαυματουργού, ότε τον εξ Εώας τυφλόν ονόματι Θεόδωρον παραδόξως ωμμάτωσεν».
Η κατασκευή έξω από την πόλη οχυρωματικών έργων, είχε σαν αποτέλεσμα την εξαφάνιση ορισμένων οικοδομών.
Όπως ήταν φυσικό, από το σχέδιο κατεδαφίσεως που έφτιαχναν οι Βενετσιάνοι μηχανικοί, δεν ήταν δυνατόν να εξαιρεθούν ούτε και οι Εκκλησίες.
Έτσι γύρω στα 1577 γκρεμίστηκε από θεμελίου και η Εκκλησία της Κουκουναριάς του Αγίου Σπυρίδωνος, που ήταν κτισμένη κοντά στο εβραϊκό κοιμητήριο και είχε φιλοξενήσει για κάμποσα χρόνια το πανίερο λείψανο του Αγίου.
Στην Εκκλησία εκείνη, που σήμερα χάθηκαν τα ίχνη της, ο Άγιος Σπυρίδωνας έκανε στην Κέρκυρα το πρώτο θαύμα του, χαρίζοντας το φως στον τυφλό Θεόδωρο. Για πολλά χρόνια το μέρος εκείνο αποτελούσε προσκύνημα. Οι περαστικοί περνώντας έκαναν το σταυρό τους και όλοι μιλούσαν για το παράδοξο εκείνο θαύμα του θαυματουργού Προστάτη.
Από τέτοια ευλαβικά συναισθήματα κινούμενος και ο Σαροκκιώτης Κωνσταντίνος Τσαγκαράς, θέλοντας να τιμήσει τον Άγιο που θαυματούργησε στον «μπόργο» του (γειτονιά του), στις αρχές του 1700 αποφασίζει και χτίζει μια Εκκλησούλα μέσα στο χωράφι που είχε στα Κηπουριά του Σαρόκκου. Πόσα χρόνια έκανε να τελειώσει δεν γνωρίζουμε. Εκείνο που ξέρουμε είναι ότι στις 29 Ιουνίου του 1735, παρουσιάζεται στον Πρωτοπαπά Σπυρίδωνα Βούλγαρη, λέγοντάς του ότι πραγματοποίησε το τάξιμό του και όποτε θελήσει «να κοπιάσει σωματικώς να ενθρονιάσει το ναό που έκτισε εκ βάθρου».
Ο Τσαγκαράς για αντάλλαγμα υπόσχεται να παρακαλεί τον Ύψιστο για «την ευημερία της Παναιδεσιμότητός του». Ο Πρωτοπαπάς όμως δεν μπόρεσε να «απέλθει σωματικώς» και γι’ αυτό ανέθεσε τον εγκαινιασμό στον Ιερομνήμονα Ιωάννη Κυνήγη. Ο Παπά Κυνήγης μαζί με άλλους Ιερείς της περιοχής πηγαίνει στις 13 Ιουλίου του 1735 και εγκαινιάζει την Εκκλησούλα «προς δόξαν Θεού και τιμήν του θαύματος της ιάσεως του τυφλού υπό του Αγίου Σπυρίδωνος».
Όσο ζούσε ο κτήτορας ενδιαφερόταν για την συντήρηση και λειτουργία της Εκκλησίας του. Πεθαίνοντας όμως άφησε κληρονόμο τη μονάκριβη θυγατέρα του Χρυσούλα. Η Χρυσούλα παντρεύεται το Θεόδωρο Αλιφιεράκη, αλλά πεθαίνει χωρίς παιδιά. Έτσι βρίσκεται κληρονόμος της Χρυσούλας, ο ανεψιός του άνδρα της Σπύρος Αλιφιεράκης. Ο Σπύρος, για το συμφέρον της Εκκλησίας και για να αποφύγει τα έξοδα, με αναφορά του στη Γερουσία του Ιονίου Κράτους, ζητεί να παραχωρηθεί η Εκκλησία σε Αδελφότητα. Η Γερουσία αποδέχεται την αίτησή του και στις 29 Μαΐου 1815, με θέσπισμά της ανακηρύσσει την Εκκλησία Συναδελφική.
Στην αρχή οι γείτονες απετέλεσαν τον πρώτο πυρήνα της Αδελφότητας. Αργότερα όμως και εξ αιτίας του Νεκροταφείου, που στο μεταξύ δημιουργήθηκε, προστέθηκαν και άλλοι και μάλιστα καλοστεκούμενοι, με αποτέλεσμα να αυξηθούν τα έσοδα του Ναού σημαντικά. Επειδή όμως ο Ναός ήταν μικρός και δεν μπορούσε να καλύψει τις ανάγκες των Αδελφών, το Συμβούλιο του Ναού αναγκάζεται στα 1880 να τον μεγαλώσει. Το έτος 1961 για τον ίδιο πάλι λόγο, το Εκκλησιαστικό Συμβούλιο, εφημερεύοντος του Αιδ. Πρωτοπρεσβυτέρου Σεβαστιανού Βασιλάκη, προεκτείνει το Ναό στη βόρεια μόνο πλευρά κατά τέσσερα μέτρα.
Η εικονογράφηση του Ναού έγινε από τον Κερκυραίο Αγιογράφο Χαράλαμπο Παχή. Όλες οι εικόνες είναι αναγεννησιακής (Ιταλιάνικης) τεχνοτροπίας. Περίφημο για την τέχνη του είναι το προσκυνητάρι του Αγίου που εικονίζει το θαύμα της ομματώσεως του τυφλού. Το περίβλημα της εικόνας είναι ασημένιο και το κατασκεύασε ο Καλαρρύτης καλλιτέχνης Σπύρος Παπαμόσχος.
Ο Ναός έγινε ενοριακός κατά την περίοδο της Αρχιερατείας του Μητροπολίτη Κερκύρας, Παξών και Διαποντίων Νήσων Αθηναγόρα (1922-1929).
Ο Ναός πανηγυρίζει στις 13 Ιουλίου (κατά δε παλαιό σημείωμα εορτάζει και στις 25 Απριλίου, εορτή του Αγίου Ευαγγελιστή Μάρκου που είναι η αριστερά μονή του Ναού).
