Γεννήθηκε στην κωμόπολη Άγιος Πέτρος Κυνουρίας της Πελοποννήσου από ευσεβείς γονείς περί το 1601. Τα πρώτα γράμματα έμαθε από τον θείο του, ιερομόναχο Μακάριο, μαζί με τον όποιο ήλθε και μόνασε στην πλησιόχωρη της πατρίδος του μονή Παναγίας της Μαλεβής. Εκεί χειροτονήθηκε και Ιερεύς. Ο πόθος όμως θειότερης και ασκητικότερης ζωής τον έφερε στο περιλάλητο Άγιον Όρος.
Κατοίκησε κοντά στο σπήλαιο του άγιου Πέτρου του Αθωνίτου και με κόπους πολλούς έκτισε κελλί με ναό προς τιμή της Υπαπαντής, τον όποιο κόσμησε με εικόνες, πού ο ίδιος αγιογράφησε, γιατί ήταν καλός αγιογράφος. Ο θείος Νείλος, «καταφλεγόμενος από τον πόθον της ησυχίας, εζήτει τόπον ερημικώτερον και εύρων σπήλαιον κατάκρημνον και από τα δύο μέρη, φοβερόν εις την θέαν διά το κρημνώδες, κατέβαλε μεγάλας προσπάθειας και κατήλθεν εις αυτό». Εκεί βίωσε μυστικά υπερουράνιες καταστάσεις.
Μετά την οσιακή κοίμηση του, στις 12 Νοεμβρίου 1651, «το άγιον αυτού σώμα ενεταφιάσθη πλησίον του σπηλαίου και ανέβλυσε μύρον ευώδες, το όποιον έτρεχεν εκ του σπηλαίου έως κάτω εις την θάλασσαν». Γνωρίζοντας αυτό οι πειρατές πήγαιναν κι αιχμαλώτιζαν τους προσκυνητές, με αποτέλεσμα να δημιουργείται θόρυβος στον ιερό τόπο της ησυχίας. Η παράδοση αναφέρει ότι ο όσιος Ακάκιος ο Καυσοκαλυβίτης παρακάλεσε τον όσιο Νείλο να πάψει τη μυροβλυσία, προς ησυχία του τόπου και ο όσιος Νείλος υπάκουσε άμεσα στον όσιο Ακάκιο. Ο όσιος Νείλος αναφέρεται ότι παρουσιάσθηκε σε διαφόρους, για να τους παρηγορήσει και προείπει τα μέλλοντα. Υπάρχουν όμως και νόθες προφητείες, πού αποδίδονται στον όσιο Νείλο.
Το 1815 οι μοναχοί θέλησαν να κτίσουν ναό προς τιμή του οσίου παρά το σπήλαιο των αγωνισμάτων του. Τότε βρήκαν τα ευώδη του λείψανα και με χαρά και τιμή τα μετέφεραν στην Ιερά Μονή Μεγίστης Λαύρας. Βίος και ακολουθία του εκδόθηκαν στο Άγιον Όρος το 1847, πού γνώρισαν πολλές εκδόσεις. Παρακλητικό Κανόνα στον όσιο συνέθεσε ο μοναχός Γεράσιμος Μικραγιαννανίτης. Ναοί προς τιμή του οσίου υπάρχουν στον Πειραιά, την Τρίπολη και την ιερά μονή Παναγίας Μαλεβής.
Η μνήμη του τιμάται στις 12 Νοεμβρίου, ήμερα της αναπαύσεως του, και στις 7 Μαΐου, κατά την ανακομιδή των τιμίων λειψάνων του.
