Η αρχαιότερη μνεία της Ιεράς Μονής Εσφιγμένου ανάγεται στο έτος 1001, στο εγκλητικό γράμμα Παύλου Ξηροποταμίτη, όπου περιέχεται και η υπογραφή του ηγουμένου της Μονής Θεοκτίστου.
Του Θεοκτίστου η υπογραφή συναντάται και σε κατοπινά έγγραφα: «Θεόκτιστος μοναχός μονής Εσφαγμένου». Μόνιμα η Μονή αναφέρεται ως «Εσφαγμένου», σε έγγραφα του 1001, 1015, 1024, 1030, 1034. Ως Εσφιγμένου αναφέρεται για πρώτη φορά το 1045, στο Β΄ Τυπικό. Και φαίνεται πως το 1045 είναι το έτος κατά το οποίο η Μονή εγκαινιάζει το νέο παραλλαγμένο όνομα.
Λοιπόν συμπεραίνεται πως η ονομασία, που δόθηκε στη Μονή, σχετίζεται με κάποια πειρατική σφαγή. Πολλές ερμηνείες που δόθηκαν για την ονομασία της Μονής εκ των υστέρων, λίγο βοηθούν στη γνώση του έτυμου της λέξης αυτής.
Άλλοι πιστεύουν πως η ονομασία της οφείλεται στη θέση της Μονής ανάμεσα σε τρεις λόφους, από τους οποίους μοιάζει να περισφίγγεται.
Άλλοι υποστηρίζουν ότι οφείλεται στον ιδρυτή ή ανακαινιστή της, που ήταν κάποιος «μονοχίτων σχοινίω σφιγκτώ εζωσμένος».
