Το 2005, ο τότε μακαριστός Μητροπολίτης Κορίνθου κυρός Παντελεήμων Καρανικόλας πρότεινε στην Ιερά Σύνοδο της Εκκλησίας της Ελλάδος να εγγραφεί τιμητικά ο Γέροντας Νεκτάριος για το όλο έργο του (πνευματικό, κτιριακό, κοινωνικό, συγγραφικό) στον Κατάλογο των προς Αρχιερατείαν Εκλογίμων.
Το αίτημα του μακαριστού Κορίνθου κυρού Παντελεήμων απορρίφθηκε από την ΔΙΣ, λέγοντάς του ότι η εγγραφή του ονόματος του π. Νεκταρίου στον εν λόγω Κατάλογο να γίνει δια της Ιεράς Μητροπόλεως Φωκίδος. Ο μ. Μητρ. Κορίνθου επικοινώνησε τότε με τον νυν μ. Μητροπολίτη Φωκίδος κυρό Αθηναγόρα ώστε ο ίδιος να κάνει αίτημα προς την Ιερά Σύνοδο για να εγγραφεί ο Γέροντας Νεκτάριος στον ανωτέρω Κατάλογο. Ο Μητροπολίτης Φωκίδος Αθηναγόρας γνωρίζοντας το όλο έργο του Γέροντος Νεκταρίου, έστειλε αμέσως στην ΔΙΣ τον φάκελο του Γέροντος Νεκταρίου το 2006 για την εγγραφή του στον Κατάλογο των προς Αρχιερατείαν Εκλογίμων, κάτι όμως που δεν κατέστη και πάλι εφικτό διότι τότε με ένστασή του ο Μητροπολίτης Ηλείας κ. Γερμανός απέτρεψε την εγγραφή του Γέροντα Νεκταρίου διότι υπηρετούσε την Εκκλησία ως άμισθος κληρικός.
Την περίοδο εκείνη με προτροπή του μ. Κορίνθου Παντελεήμωνος ο Γέροντας Νεκτάριος επικοινώνησε με ισχυρό Ιεράρχη της Εκκλησίας της Ελλάδος και του εξέθεσε πως έχει η υπόθεσή του. Ο Ιεράρχης πρότεινε στον Γέροντα Νεκτάριο να προσβάλει την απόφαση της Ιεράς Συνόδου στο Συμβούλιο της Επικρατείας διότι ήταν άδικη. Ο Γέροντας έκανε υπακοή στον ισχυρό Ιεράρχη και έκανε προσφυγή στο Συμβούλιο Επικρατείας κατά της απόφασης της Ιεράς Συνόδου.
Η προσφυγή του Γέροντα Νεκταρίου από το 2006 εξετάστηκε το 2013. Ο εισηγητής δικαίωνε τον Γέροντα Νεκτάριο διότι ήταν ο ΜΟΝΟΣ άγαμος κληρικός ΠΟΥ ΕΦΗΡΜΟΖΕ ΤΗΝ ΕΛΛΗΝΙΚΗ ΝΟΜΟΘΕΣΙΑ Η ΟΠΟΙΑ ΠΡΟΒΛΕΠΕΙ ΝΑ ΜΙΣΘΟΔΟΤΟΥΝΤΑΙ ΜΟΝΟ ΟΙ ΕΓΓΑΜΟΙ ΙΕΡΕΙΣ, ΟΙ ΔΕ ΑΓΑΜΟΙ ΝΑ ΥΠΗΡΕΤΟΥΝ ΑΜΙΣΘΟΙ ΚΑΙ ΝΑ ΔΙΟΡΙΖΟΝΤΑΙ ΜΟΝΟ ΠΡΟΣΩΡΙΝΑ. Με την εισήγηση αυτή ο Γέροντας Νεκτάριος Μουλατσιώτης εγγραφόταν στον Κατάλογο των προς Αρχιερατείαν Εκλογίμων.
Τότε ο νυν Μακαριώτατος Αρχιεπίσκοπος Αθηνών και πάσης Ελλάδος κ. Ιερώνυμος κάλεσε τον Γέροντα και του εξήγησε ότι τον δικαιώνει το ΣτΕ και μπορεί πλέον να εγγραφεί στον Κατάλογο αλλά υπάρχει ο κίνδυνος εάν εκδοθεί η απόφαση του ΣτΕ να χάσουν τον μισθό τους όλοι οι άγαμοι κληρικοί, δι’αυτό και τον παρακάλεσε εάν θέλει να κάνει ανάκληση της προσφυγής του. Ο Γέροντας Νεκτάριος έκανε αμέσως υπακοή στον Μακαριώτατο Αρχιεπίσκοπο κ. Ιερώνυμο και δέχθηκε να αδικηθεί για ακόμα μια φορά, για να μην χάσουν την μισθοδοσία τους οι διορισθέντες επί μισθό Αρχιμανδρίτες και Ιερομόναχοι.
Στην επόμενη ΔΙΣ ο Μακαριώτατος έφερε το θέμα του π. Νεκταρίου και μίλησε με θετικά και επαινετικά λόγια για το πρόσωπό του και ότι προτίμησε ο Γέροντας Νεκτάριος να αδικηθεί πάλι, για να μην χάσουν όλοι οι Ιερομόναχοι τον μισθό τους και πρότεινε στην ΔΙΣ με έγγραφό της να ζητά από τον Μητρ. Φωκίδος να στείλει εκ νέου τον φάκελο του Γέροντος Νεκταρίου για να εγγραφεί στον ανωτέρω Κατάλογο. Για τρίτη φορά ο φάκελος του Γέροντος Νεκταρίου δια της Ιεράς Μητροπόλεως Φωκίδος πηγαίνει στην Ιερά Σύνοδο για να εγγραφεί στον Κατάλογο των προς Αρχιερατείαν Εκλογίμων.
Ο Μητροπολίτης όμως Ηλείας κ. Γερμανός κάνει νέα ένσταση κατά του Γέροντος Νεκταρίου. Η Ιερά Σύνοδος αναθέτει σε ανακριτή την διαδικασία και ο ανακριτής καταθέτει τελικά αθωωτικό πόρισμα, το οποίο εξετάζει η προς Αρχιερατείαν Επιτροπή η οποία και δικαιώνει τον Γέροντα Νεκτάριο και φέρνει αθωωτικό πόρισμα για τον Γέροντα Νεκτάριο στην Ιερά Σύνοδο, η οποία τον αθωώνει και ζητά από την Ιεραρχία να τον εγγράψει στον εν λόγω Κατάλογο.
Έτσι στις 18 Οκτωβρίου του 2013 συγκαλείται η ΙΣΙ της Εκκλησίας της Ελλάδος και ο Μητρ. Ηλείας κ. Γερμανός ενίσταται αυτή τη φορά κατά της αποφάσεως της ΔΙΣ και ότι η απόφασή της για την εγγραφή του Γέροντος Νεκταρίου στον Κατάλογο είναι λανθασμένη. Το σώμα της Ιεραρχίας με 65 ψήφους υπέρ του Ηλείας κ. Γερμανού και 13 υπέρ του Γέροντος Νεκταρίου αποδέχεται την ένσταση του Ηλείας και το όνομα του Γέροντος Νεκταρίου δεν εγγράφεται στον Κατάλογο.
Ο Σεβ. Μητρ. Καισαριανής, Βύρωνος και Υμηττού κ. Δανιήλ, λαμβάνοντας τον λόγο υπέρ του Γέροντος Νεκταρίου είπε: «Εφόσον γίνεται δεκτή η ένσταση του Ηλείας κ. Γερμανού, τότε ο π. Νεκτάριος είναι ένοχος και πρέπει να διεξαχθούν ανακρίσεις και να καταδικασθεί». Το θέμα ανατέθηκε στην ΔΙΣ για ανακρίσεις. Τις ανακρίσεις ανέλαβε ο Σεβ. Μητρ. Ναυπάκτου και Αγίου Βλασίου κ. Ιερόθεος.
Μετά από πολύμηνες ταλαιπωρίες του Γέροντος Νεκταρίου οι ανακρίσεις βγάζουν αθωωτικό πόρισμα και πάλι το οποίο παραπέμπεται στην νομοκανονική επιτροπή η οποία εισηγείται στην ΔΙΣ την αθώωση του Γέροντος Νεκταρίου διότι ουδέν στοιχείο μεμπτό προέκυψε για το πρόσωπό του.
Η ΔΙΣ στις 3/3/2015 παμψηφεί αθωώνει τον Γέροντα Νεκτάριο Μουλατσιώτη από τις κατηγορίες που του είχε προσάψει ο Μητρ. Ηλείας κ. Γερμανός και ζητά από τον νέο Μητροπολίτη Φωκίδος κ. Θεόκτιστο να στείλει εκ νέου τον φάκελο του Γέροντος Νεκταρίου, ώστε να εγγραφεί στον Κατάλογο των προς Αρχιερατείαν Εκλογίμων.
Σε σημερινή επικοινωνία που είχαμε με τον Γέροντα Νεκτάριο Μουλατσιώτη σχετικά με την δικαίωσή του από την Ιερά Σύνοδο μας είπε: «Ευχαριστώ τον Θεό και τη ΔΙΣ γιατί έλαμψε η αλήθεια».
Εκ του ανωτέρω σύντομου ιστορικού φαίνεται ξεκάθαρα ότι ο Γέροντας Νεκτάριος ουδέποτε ο ίδιος κίνησε διαδικασία για την εγγραφή του στον Κατάλογο προς Αρχιερατείαν Εκλογίμων. Δι’ αυτό και σε ερώτησή μας εάν ο ίδιος ενδιαφέρεται για την εγγραφή του στον Κατάλογο μας απάντησε: «Προσωπικά όχι. Δεν ενδιαφέρθηκα ποτέ μου και το ίδιο θα συνεχίσω να κάνω και τώρα. Δεν γνωρίζω τι θα κάνει ο Ποιμενάρχης μου Σεβασμιώτατος Μητροπολίτης Φωκίδος κ.κ. Θεόκτιστος».
