Τον Ιούλιο του 2005 ήρθε στο φως της δημοσιότητας το πασίγνωστο πλέον πόρισμα που εξέδωσε η Παλαιστινιακή Αρχή ύστερα από σχετική έρευνα αρμόδιας επιτροπής ότι ο Πατριάρχης Ειρηναίος ουδέποτε πραγματοποίησε συμφωνίες ενοικιάσεως μακράς διαρκείας με εταιρείες εβραϊκών συμφερόντων για συγκεκριμένα εκκλησιαστικά ακίνητα κατά μήκος του δρόμου που οδηγεί από την Πύλη της Γιάφας στην Πλατεία Ομάρ.
Τον Μάιο του 2012 το Νομικό Συμβούλιο του Κράτους επίσης γνωμοδότησε πως δεν προκύπτει ούτε υφίσταται αστική ή και ποινική ευθύνη του Πατριάρχη Ειρηναίου κατά τον έλεγχο που διεξήχθη για τα πεπραγμένα του τα οικονομικά έτη 1999–2005.
Παρά τα αθωωτικά αυτά πορίσματα ο Πατριάρχης Ειρηναίος από τις 11 Φεβρουαρίου 2008 διώκεται και αντιμετωπίζεται από την ελληνική κυβέρνηση και το Πατριαρχείο Ιεροσολύμων υπό τον Θεόφιλο, ως ένοχος, στερούμενος στοιχειώδη ανθρώπινα δικαιώματα…
Συγκλονιστικές μαρτυρίες όπως του Λουκή Λουκαΐδη (τ. Δικαστής Ευρωπαϊκού Δικαστηρίου Ανθρώπινων Δικαιωμάτων) και του Αρχιεπισκόπου Γεράσων στην εφημερίδα «Εθνικός Κήρυκας» Νέας Υόρκης (Ιούνιος 2013), αναρτημένες φωτογραφίες σε πολλούς ιστότοπους ιστότοπους και ιστολόγια (για παράδειγμα ieriplektani.blogspot.gr) και βιντεοσκοπημένα στιγμιότυπα (για παράδειγμα εκείνο του έγκριτου Associated Press) δεν αμφισβητούνται.
Ωστόσο κανένας Προκαθήμενος που ευαγγελίζεται την αγάπη και την δικαιοσύνη δεν ενοχλήθηκε (φανερά τουλάχιστον) από την ασυδοσία του σημερινού επικεφαλής της Αγιοταφιτικής Αδελφότητας Θεοφίλου κατά του Πατριάρχη Ειρηναίου.
Ο Μακαριώτατος Ειρηναίος για τις συνθήκες διαβίωσης και της γενικής μεταχείρισης που τυγχάνει ενημέρωσε το ελληνικό υπουργείο Εξωτερικών στις 22.12.2010 με ΑΙΤΗΣΗ ΟΦΕΙΛΟΜΕΝΗΣ ΕΝΕΡΓΕΙΑΣ, το οποίο και εσιώπησε, αποδεικνύοντας την πολιτική συγκάλυψη της υπόθεσής του.
Μετά και την πρόσφατη απάντηση του καθ ύλην αρμόδιου Υφυπουργού Εξωτερικών κ. Κυριάκου Γεροντόπουλου, για εκούσια απομόνωση και αυτοεγκλεισμό του σε σχετική ερώτηση από τους Βουλευτές κ.κ. Γιάννη Δημαρά και Γαβριήλ Αβραμίδη, ο Μακαριώτατος Ειρηναίος αποφάσισε να προσφύγει στην ελληνική δικαιοσύνη καταθέτοντας μήνυση, η οποία έχει ως εξής:
 |
 |
 |
 |
 |
 |
 |
 |
Ο Πατριάρχης Ειρηναίος μετά του δικηγόρου του κ. Σαράκη
){kind=link}