Η Πατµιάδα Εκκλησιαστική Σχολή ιδρύθηκε το 1713 από τον µεγάλο Πάτµιο Διδάσκαλο και Ιεροδιάκονο Μακάριο Καλογερά, έτος κατά το οποίο επέστρεψε στη γενέτειρά του, µετά από µακροχρόνιες σπουδές στη Μεγάλη του Γένους Σχολή της Κωνσταντινουπόλεως.
Η Σχολή στεγάστηκε και πρωτολειτούργησε µέσα στο κτιριακό συγκρότηµα – Κάθισµα – του Ιερού Σπηλαίου της Αποκαλύψεως της Πάτµου.
Η θέση της Σχολής ήταν καθοριστικής σηµασίας, εφόσον βρισκόταν στην πιο επίκαιρη θρησκευτική θέση του νησιού, δίπλα στο χώρο του Ιερού Σπηλαίου, µέσα στον οποίο ο Απόστολος και Ευαγγελιστής Ιωάννης ο Θεολόγος, ο αγαπηµένος µαθητής του Κυρίου και Απόστολος της Αγάπης, έφτασε εξόριστος το 95 µ.Χ., είδε τα φοβερά οράµατα και έγραψε το Βιβλίο της Αποκάλυψης.
Από την ίδρυση της Σχολής το 1713, ορισµένοι χώροι της Αποκαλύψεως χρησίµευσαν όχι µόνο ως αίθουσες διδασκαλίας, αλλά και ως κοιτώνες τωνµαθητών. Η θρησκευτική και παιδαγωγική δύναµη του Ιερού Σπηλαίου εξυπηρετούσε τις θρησκευτικές ανάγκες µαθητών, αλλά και διδασκάλων, διέπλαθε το χαρακτήρα των µαθητών, συνδυάζοντας την ακαδηµαϊκή παιδεία µε την κατά Θεόν κατάρτιση και την αληθινή Θεογνωσία. Πλήθος µαθητών, αλλά και προσκυνητών κατέκλυσε τη Σχολή για να ακούσει τον Άγιο των Ελληνικών Γραµµάτων. Επειδή λειτούργησε µέσα στο κτιριακό συγκρότηµα του Καθίσµατος ονοµάστηκε «ένδον της Αποκαλύψεως Φροντιστήριον».
Ο Άγιος Μακάριος, ενώ κατέβαλε ενοίκιο στη Μονή του Αγ. Ιωάννου του Θεολόγου για το Κάθισµα, δίδασκε χωρίς µισθό και φρόντιζε για τους απόρους µαθητές του µε τη βοήθεια των Πατµίων φίλων του, αλλά και φιλογενών της Κωνσταντινουπόλεως, οι οποίοι έστελναν χορηγήµατα.
Το χαρακτηριστικότερο γνώρισµα της Σχολής ήταν η παροχή “αδάπανης” παιδείας σε όλους, Πατµίους και ξένους. Η διαµονή στη Σχολή ήταν πάντα δωρεάν, ενώ η διατροφή των µαθητών ήταν προσωπική υπόθεση του καθενός, αφού τότε δεν υπήρχε κοινή τράπεζα. Ωστόσο, οι φτωχότεροι των µαθητών ετύγχαναν της συνδροµής των δασκάλων τους, για να µπορέσουν να καλύψουν τις βασικότερες ανάγκες τους.
Και η Πατµιάδα, όπως άλλωστε και όλα τα σχολεία των χρόνων της δουλείας, λειτούργησε όλα της τα χρόνια µε πολλές ελλείψεις. Παρά τις ελλείψεις της όµως, παρουσίασε µεγάλη απόδοση, κάτι που οµολογούσαν οι πάντες. Σπούδαζαν νέοι από όλα τα κοινωνικά στρώµατα και από διάφορα σηµεία της Ρωµιοσύνης.
Έτσι, µε χορηγία κυρίως του Μανωλάκη Υψηλάντη, προσωπικού φίλου τουΜακαρίου, αλλά και άλλων, µεταξύ των οποίων ιδιαίτερα πρέπει να µνηµονευθεί η οικονοµική συµβολή της συντεχνίας (“ρουφετίου”) των Γουναράδων της Πόλης, κτίζεται αργότερα ιδιαίτερο κτίριο δίπλα στην Αποκάλυψη για να στεγάσει την Πατµιάδα, γνωστό σήµερα ως «Παλιά Πατµιάδα», τα ερείπια του οποίου σώζονται έως τις µέρες µας.
Το 1729 λοιπόν ξεκίνησε η ανοικοδόµηση του κτιρίου της Σχολής, η ολοκλήρωση της οποίας καθυστέρησε λόγω δυσκολιών, όπως ο φοβερός λιµός του 1729.Η Αποκάλυψη, ωστόσο, δεν εγκαταλείφτηκε εντελώς. Ο Διδάσκαλος Μακάριος και µερικοί ιερωµένοι και µοναχοί από τους µαθητές διέµεναν σε αυτήν. Πλήθος διδασκάλων του Γένους, Αρχιερείς, Πατριάρχες, Ιεραπόστολοι και Εθναπόστολοι, για τους οποίους θα γίνει αναφορά παρακάτω, αποφοίτησαν από τη Σχολή, χρηµάτισαν διδάσκαλοι και λάµπρυναν την Εκκλησία και το ελληνικό Έθνος µε τη δράση τους. Η Σχολή µεταβλήθηκε σε ένα νέο «Στουδίο» σοφίας και αρετής για εκατοντάδες νέους και εξελίχθηκε σε ένα από τα µεγαλύτερα κέντρα Παιδείας του Νέου Ελληνισµού.
Η παιδεία που εγκαινιάζεται µε τη Σχολή του Μακαρίου είναι παιδεία συστηµατική, προγραµµατισµένη, έχει ανάλογη πορεία µε την παιδεία που παρείχαν τα άλλα σύγχρονά της σχολεία και συµβαδίζει µε εκείνη της Μεγάλης του Γένους Σχολής. Είχε χαρακτήρα ακαδηµαϊκό, ειδικευµένους διδασκάλους, προκαθορισµένη διδακτέα ύλη, χώρους διδασκαλίας και διαβίωσης των µαθητών, αδιάκοπη λειτουργία.
Η Σχολή αποτελούσε προσωπικό εγχείρηµα του Μακαρίου, ο οποίος διαχειριζόταν όλες τις υποθέσεις προσωπικά, φρόντιζε για την επίλυση των προβληµάτων και την οµαλή λειτουργία της. Ο Διδάσκαλος Μακάριος δηµιούργησε ισχυρούς δεσµούς φιλίας και αλληλοεκτίµησης µεταξύ τους. Πολλοί γονείς έστελναν τα παιδιά τους στην Πάτµο, διότι ήταν εξασφαλισµένη η ηθική και πνευµατική τους ασφάλεια.
Η ιερότητα του χώρου σε συνδυασµό µε τον βίο των Διδάσκαλων Μακαρίου και Γερασίµου, που και µετά το θάνατό τους έχουν φήµη Αγίου, διέπλαθε το χαρακτήρα των φιλοµαθών µαθητών. Τα µαθήµατα που δίδασκε ήταν τόσο η Ερµηνεία Ελλήνων Κλασσικών συγγραφέων, όσο και των Μεγάλων Πατέρων της Εκκλησίας. Όσον αφορά στο διδακτικό της πρόγραµµα, η Σχολή της Πάτµου παρείχε -κυρίως- παιδεία Μέση και Ανώτερη, εγκύκλια και Φιλοσοφική. Στο πλαίσιο της µέσης και ανώτερης παιδείας, και σύµφωνα µε στοιχεία, που αντλούµε από τα σωζόµενα “Μαθηµατάρια”, διδάσκονταν Φιλολογικά και Φιλοσοφικά Μαθήµατα, Ρητορική, Θεολογία, Εκκλησιαστική Μουσική, Λατινικά και Φυσική. Οι εκπαιδευτικές µέθοδοι κατά την περίοδο του Μακαρίου µπορούµε να πούµε ότι εµπνέονταν και προσοµοίαζαν µ εαυτές της Μεγάλης του Γένους Σχολής.
Ο Ορθόδοξος Πατέρας Μακάριος δίδαξε υπεύθυνα έως το 1737, έτος κατά το οποίο απεβίωσε. Τον διαδέχθηκε στη διεύθυνση της Σχολής ένας από τους Μαθητές του, ο Άγιος Γεράσιµος ο Βυζάντιος ο εξ Υψωµαθείων, έχοντας ως υποδιδάσκαλο τον µοναχό Βασίλειο Κουταλινό, µετέπειτα Σχολάρχη της Σχολής. Από αυτό το κτίριο αποφοίτησαν οι πρώτοι µαθητές που άναψαν πυρσούς παιδείας σε όλα τα µέρη της υπόδουλης Ελλάδας και διαφήµισαν την Πάτµο σαν φυτώριο παιδείας.
Το 1769 η Πατµιάδα Σχολή µε Πατριαρχικό Σιγγίλιο του Θεοδοσίου του Β’µετονοµάζεται σε «Κοινή Σχολή του Γένους». Αυτό µαρτυρεί όχι µόνο το ιδιαίτερο ενδιαφέρον της Μητέρας Εκκλησίας για τη Σχολή του Μακαρίου, αλλά είναι χαρακτηριστικό της πατριαρχικής τιµής και επευλογίας, που την περιέβαλλαν και δηλώνει την ανύψωσή της στην περίοπτη θέση της Πατριαρχικής Σχολής. Αποστέλλεται ο Πάτµιος Δανιήλ Κεραµέας να διδάξει. Στα χρόνια του Δανιήλ προσλαµβάνεται ως υποδιδάσκαλος ο Πάτµιος Μιχαήλ Μαργαρίτης, ο οποίος µετά το θάνατό του Δανιήλ Κεραµέα ανέλαβε σχολάρχης έως το έτος 1809 µε υποδιδάσκαλο τον Ιεροµόναχο Κύριλλο Σγουροµαλλινό. Διάδοχός του αναδεικνύεται ο Παΐσιος Καραπατάς (1809-1818).
Ακολουθούν τα δύσκολα χρόνια της Επανάστασης. Χάρη στη δράση πολλών διαπρεπών διδασκάλων η Σχολή απέβη φάρος τηλαυγής στα δύσκολα αυτά χρόνια της εθνικής µας υπόθεσης. Διακεκριµένοι Διδάσκαλοι της Σχολής που διορίστηκαν τα επόµενα χρόνια ήταν οι Ιεροδιάκονος Παϊσιος Μαζαράκης, Ιεροµόναχος ο Νεόφυτος Βυζάντιος, Μοναχός Χαράλαµπος Θεσσαλονικέας και Ιωάννης Σφοίνης Σάµιος (1831-1835). Ακολούθησαν οι Μοναχός Ισαάκ Κρης (1835-1844) και οΙεροδιάκονος Ιεζεκιήλ Παπουτσίνας, ο οποίος και µεταρρύθµισε θέµατα που αφορούσαν τη διδασκαλία της Σχολής. Η µεταρρύθµιση αφορούσε όλα τα διδακτικά βιβλία του Κούµα. Διάδοχός του αναδείχθηκε ο µαθητής του Νικόδηµος Κάπος, Πάτµιος Ιεροµόναχος.
