Όταν εκδηλώθηκε ο Ελληνοϊταλικός πόλεμος η μοναστική κοινότητα του Άθω δεν αδιαφόρησε. Μάλιστα οι νεώτεροι μοναχοί μετέβησαν στις Καρυές προκειμένου να λάβουν φύλλο πορείας για το μέτωπο.
Όμως το Ελληνικό κράτος αρνήθηκε τη συμμετοχή εθελοντών στον πόλεμο ιδιαίτερα αν αυτοί ήταν κληρικοί ή μοναχοί.
Επίσης οι μονές διέθεσαν το υποζύγιά τους χωρίς αποζημίωση, ενώ διοργάνωσαν και εράνους σε είδη και χρήματα για την βοήθεια του Ελληνικού στρατού. Σε όλη αυτήν την κινητοποίηση έμειναν ουδέτεροι οι Ρώσοι και οι Βούλγαροι μοναχοί Η προέλαση των γερμανικών στρατευμάτων στο ελληνικό έδαφος ανησύχησε τους μοναχούς: ο Διοικητής του Αγίου Όρους πρότεινε τη διαφυγή των χειρογράφων και των λοιπών κειμηλίων των μονών καθώς και τη φυγάδευση όσων μοναχών είχαν αναπτύξει αντιστασιακή δράση, εκτός Αγίου Όρους, στην Αθήνα ή τα νησιά του Αιγαίου. Τελικά πολλές μονές τα έκρυψαν τα κειμήλια σε κατακόμβες. Με την κατάληψη της Θεσσαλονίκης οι πολιτικές και αστυνομικές αρχές του Άθω περιήλθαν σε κατάσταση πανικού.
Στις Καρυές συνήλθε η Ιερά Κοινότητα και συγκρότησε πολιτοφυλακή από μοναχούς και λαϊκούς.
Παράλληλα ελήφθησαν μέτρα ανακουφιστικά των Ελλήνων στρατιωτών που έφθαναν στην χερσόνησο του Άθω και βοηθήθηκαν να διαπεραιωθούν στα νησιά του Αιγαίου. Αρχικά οι Γερμανοί έφθαναν στο Άγιον Όρος κατά πολύ μικρές ομάδες στη διάρκεια της Μεγάλης Εβδομάδας του Απριλίου του 1941.
Η επίσημη απόβαση έγινε στη Μονή Βατοπεδίου μια εβδομάδα αργότερα από τον Περιφερειακό Φρούραρχο Λαγκαδά με τη συνοδεία ενός ταγματάρχη κι ένοπλου αποσπάσματος. Την επόμενη ημέρα μετέβησαν στις Καρυές. Τα μέλη της Ιεράς Κοινότητας ζήτησαν να προστατευθεί το άγιον όρος από μια πιθανή Βουλγαρική κατάληψη, ενώ ο Γερμανός ταγματάρχης τους διεμήνυσε εμπιστευτικά να αποστείλουν σχετική επιστολή προς τον Χίτλερ προκειμένου να διασφαλίσει το καθεστώς αυτό.
Η επιστολή στον Χίτλερ
Πράγματι στις 26 Απριλίου 1941 η Ιερά Κοινότητα συνήλθε δύο φορές και συνέταξε επιστολή η οποία εστάλλει δια του Περιφερειακού Φρούραρχου Λαγκαδά και με την οποία , «Την διατήρησιν του καθεστώτος τούτου της αυτονόμου μοναχικής πολιτείας,ικανοποιούντος πλήρως άπαντας τους εν Αγίω Όρει ενασκουμένους, ανεξαρτήτως εθνικότητος μοναχούς […]παρακαλούμεν και ικετεύομεν θερμώς την Υμετέραν Εξεχότητα, όπως αναλάβη υπό την υψηλήν προστασίαν και κηδεμονίαν Αυτής. » Οι Ρώσοι και οι Βούλγαροι αρνήθηκαν αρχικά να την υπογράψουν όταν όμως διαπίστωσαν που θα αποστελλόταν και χωρίς τη δική τους υπογραφή την συνυπέγραψαν. Οι Γερμανικές αρχές ανταποκρίθηκαν άμεσα και στις 3 και 4 Μαΐου δημοσιεύθηκε στις εφημερίδες της Θεσσαλονίκης ανακοινωθέν της Γερμανικής Διοίκησης Θεσσαλονίκης Αιγαίου ό,τι ετίθετο υπό Γερμανική προστασία το Άγιον όρος.
Η στάση των Γερμανών
Πράγματι ούτε Γερμανικό φρουραρχείο λειτούργησε ούτε στάθμευε μόνιμα στρατιωτικό απόσπασμα στο άγιον Όρος. Υπαγόταν στο περιφερειακό φρουραρχείο Λαγκαδά. Λόγω καταγγελιών βουλγάρων μοναχών, ό,τι κρύβονταν πολεμικό υλικό ή αντάρτες ή άγγλοι ή πως τροφοδοτούνταν αγγλικά υποβρύχια από τις μονές, έφτασαν ορισμένες φορές για ανακρίσεις και έρευνες Γερμανοί στην περιοχή. Επίσης οι Γερμανοί απέτρεψαν απόπειρα των Βουλγάρων να φτάσουν τον Μάιο του 1941 στο Άθω, κατορθώνοντας να πάνε μέχρι την Ιερισσό από πού και διώχθηκαν από τους Γερμανούς.
