Η Σκήτη του Προφήτη Ηλία βρίσκεται δυτικά της κυρίαρχης Μονής του Παντοκράτορος, σε απόσταση 40΄ απ’ αυτή και σε υψόμετρο 140 μ., στην κορυφή ενός ραχωνιού, σε θέση αμφιθεατρική και με θέα προς την θάλασσα.

Εμφανίζεται σαν κελλί κατά τον 15ο αιώνα, ίσως και νωρίτερα. Το 1492 ο Βλάντ ο Γ΄ κόβει για το κελλί ετήσια επιχορήγηση 1.000 άσπρα. Λίγο μετά, κατά το 1500, αποσύρεται εδώ ο Πρώτος Κοσμάς της Μονής Χιλιανδαρίου. Κατά την αρχή του 1757 εγκαθίσταται στην έρημη Σκήτη ο Ρώσος νηπτικός Παΐσιος Βελιτσκόφσκι (1722-94) που με τους μαθητές του, 35 συνολικά, την μετέτρεψε σε πρότυπη σκήτη. Η σκητιώτικη αδελφότητα έχει για κύριο έργο της την προσευχή, τη μελέτη και τη μετάφραση εκκλησιαστικών κειμένων από την ελληνική στη ρωσική γλώσσα. Με το κοινοβιακό της τυπικό αναδείχνεται το πρότυπο κοινόβιας σκήτης. Ο Παΐσιος αναχωρεί μαζί με τους μαθητές του το 1762 για τη Μονή Σιμωνόπετρας, κι από κει για τη Ρωσία.

Αφήνει όμως ισχυρή παράδοση, την οποία και θ’ ακολουθήσει ο νέος κάτοικος της Σκήτης μοναχός Ανίκητος, Ρώσος, και οι 15 μοναχοί του, που εγκαταστάθηκαν τον Ιούνιο του 1835. Με την εγκατάσταση του Ανίκητου η Σκήτη γίνεται πλατιά γνωστή. Η συνοδία εργάζεται εντατικά, για να ορθώσει επιβλητικά κτίρια, το Νότιο (1839) και το Δυτικό (1849). Αλλά υπεισέρχεται η θεωρία του πανσλαβισμού από το μέρος της Σκήτης κι ο εκβιασμός από μέρους της Μονής.

Ιεροκοινοτικό έγγραφο του 1839, επικυρωμένο και μεταγενέστερα το 1871, το 1873 και 1879, αναφέρει ότι «πολλάκις και ιδιαιτέρως, και κοινώς και επισήμως» έγιναν πολλές συμφωνίες, τις οποίες «αμφότερα τα μέρη ανήρεσαν». Το κακό έτεινε προς διαιώνιση όταν, μάλιστα, τα δύο μέρη προσέφυγαν σε κοσμικά δικαστήρια, αλλά και στη Μεγάλη Εκκλησία, η οποία και εκδίδει αντί τα 7 άρθρα του Ιεροκοινοτικού εγγράφου, 22 όρους το 1892: ο 6ος όρος, ορίζει«τους εν τη σκήτη ενασκουμένους πατέρας εις το διηνεκές εις 130 τον αριθμόν, τους δε δοκίμους εις 20». Όμως πριν περάσει μια 10ετία ο όρος αθετείται με τον υπερδιπλασιασμό των μοναχών της Σκήτης.

Τέλος πάντων επέρχεται η ειρήνη και τα δύο μέρη προβαίνουν σε εκατέρωθεν υποχωρήσεις και σε πράξεις χριστιανικής αγάπης: την Τρίτη της Διακαινησίμου συμφωνούν να συνέρχονται οι πατέρες των δύο σκηνωμάτων «ασπαζόμενοι αλλήλους» με αναστάσιμες ευχές και λαμπρά συλλείτουργα.

Το Κυριακό της Σκήτης επιβλητικό, βαρύ και μεγαλόπρεπο αρχίζει να χτίζεται το 1900. Το σχέδιο του επιβλητικού Κυριακού έστειλε στη Σκήτη η δούκισσα Αλεξάνδρα Πετρόβνα, με την υπογραφή της (Οκτώβριος 1882). Η ίδια, εκφράζοντας την εύνοιά της προς τη Σκήτη, επισκέπτεται τον Άθω (Ιούλιος 1881) και ατενίζει από τη θαλαμηγό της την προστατευόμενη Σκήτη. Στη θεμελίωση του Κυριακού η δούκισσα αντιπροσωπεύτηκε από το ναύαρχο Γκολοβάτσεφ, χωρίς την παρουσία αρχιερέα. Έτσι το 1900, γίνονται τα εγκαίνια παρουσία του πατριάρχη Ιωακείμ Γ΄.

Παλιότερα η Σκήτη είχε μηχανουργείο, νοσοκομείο, φωτογραφείο, μεγάλη βιβλιοθήκη, ατμοκίνητο μύλο και πλοίο ιστιοφόρο 350 τόννων. Μετόχια είχε στην Οδησό, Κωνσταντινούπολη και αλλού.