Εγκατεστημένη εξαρχής σε χωρική συνάφεια με το κελλί του, η προσωπική βιβλιοθήκη του αγίου Αθανασίου του Αθωνίτη αποτέλεσε τον πυρήνα της πλουσιότατης βιβλιοθήκης της Μεγίστης Λαύρας.
Ακολουθώντας το παράδειγμά του και οι υπόλοιπες Μονές δημιούργησαν σημαντικές βιβλιοθήκες, που αρχικά στεγάζονταν συνήθως σε διαμερίσματα του καθολικού, ενώ αργότερα, καθώς ο αριθμός των βιβλίων μεγάλωνε, αλλά και για λόγους πυρασφάλειας, μεταφέρονταν σε άλλους χώρους, στις πτέρυγες και στους πύργους, συχνά μαζί με το σκευοφυλάκιο και το αρχείο.
Βιβλιοθήκη της Ι.Μ. Σίμωνος Πέτρα
Παρά τις επανειλημμένες αφαιμάξεις διά των οποίων εμπλουτίσθηκαν οι μεγαλύτερες βιβλιοθήκες της Δύσης και της Ρωσίας, οι βιβλιοθήκες του Αγίου Όρους εξακολουθούν να διαθέτουν πολλά από τα ωραιότερα ελληνικά χειρόγραφα παγκοσμίως. Πέρα από την ποιότητα, το μέγεθος σε απόλυτους αριθμούς των χειρογράφων που φυλάσσονται στις βιβλιοθήκες του Αγίου Όρους υπολογίζεται σε περίπου 15.000, όταν οι δύο μεγαλύτερες συλλογές ελληνικών χειρογράφων της Ευρώπης, του Βατικανού και της Εθνικής Βιβλιοθήκης των Παρισίων, δεν ξεπερνούν και οι δύο μαζί τις 10.000.
Αλλά αν το μεγαλύτερο μέρος των αγιορείτικων χειρογράφων είναι ελληνικά, δεν είναι καθόλου αμελητέες και οι ξενόγλωσσες συλλογές. Τα περίπου 100 γεωργιανά περγαμηνά χειρόγραφα της Μονής Ιβήρων αποτελούν την μεγαλύτερη συλλογή γεωργιανών χειρογράφων παγκοσμίως εκτός Γεωργίας, ενώ ξεπερνούν κατά πολύ τα 1.000, περγαμηνά και χαρτώα, τα σλαβικά χειρόγραφα που φυλάσσονται στις βιβλιοθήκες της σερβικής Μονής Χιλανδαρίου, της βουλγαρικής Μονής Ζωγράφου, της ρωσικής Μονής Αγίου Παντελεήμονος και σε άλλες βιβλιοθήκες μοναστηριών και σκητών. Επίσης ένας μεγάλος αριθμός ρουμανικών χειρογράφων φυλάσσονται στις δύο ρουμανικές σκήτες του Τιμίου Προδρόμου και του Αγίου Δημητρίου (Σκήτη του Λάκκου), καθώς και σε αρκετές βιβλιοθήκες μοναστηριών και κελλιών, ενώ δεν λείπουν και τα λατινικά και αραβικά χειρόγραφα.
