Η ονομασία της Μονής ανάγεται στον 10ο αιώνα και ετυμολογείται από το κωπήλατο πλοίο – φορτηγίδα των βυζαντινών, το «χελάνδιο», ή τον ναύτη που εργάζεται σ’ αυτό, τον «χελανδάρη».
Το όνομα της Μονής απαντάται για πρώτη φορά στο πρόσωπο του λόγιου Αγιορείτη «Γεωργίου του λεγομένου Χελανδάρι».
Ο Γεώργιος, συντάκτης μιας αίτησης Αθωνιτών προς τον αυτοκράτορα Βασίλειο Β΄ τον Βουλγαροκτόνο, πουλάει τον αγρό του στη νεοϊδρυτη τότε Μονή των Ιβήρων και εγκαθίσταται «παρά την θάλασσαν», κατά το 982.
Από πολλούς ερευνητές ονομάζεται και γράφεται Μονή Χιλιανδαρίου ή Χιλιανταρίου. Όσοι δέχονται τον τύπο αυτό ετυμολογούν τη λέξη είτε από το χίλιοι και αντάρα (ομίχλη), «εκ του χέειν τον τόπον αντάραν», ή από το χίλιοι και άνδρες, δηλ. από τον αριθμό των πειρατών που, σύμφωνα με την παράδοση, επιτέθηκαν κάποτε με ληστρικές διαθέσεις εναντίον του μοναστηριού χωρισμένοι σε δύο ομάδες και που αλληλοεξοντώθηκαν λόγω της πυκνής ομίχλης, γιατί ήταν αδύνατο να καταλάβουν ποιοι ήταν οι δικοί τους και ποιοι οι ξένοι.
