Μεγάλη καταστροφή φέρεται να έχει συμβεί στην Αγία Σοφία Τραπεζούντας μετά από την μετατροπή του μνημείου τζαμί το 2013.
Στην εκκλησία της Αγίας Σοφίας που κατασκευάστηκε το 1250, μετά από την μετατροπή τη σε τζαμί το 2013, αγιογραφίες 800 ετών καλύφθηκαν και κάποιες εξ αυτών έσπασαν.
Η εκκλησία της Αγίας Σοφία στην Τραπεζούντα κατασκευάστηκε ως μοναστήρι από τον αυτοκράτορα Μανουήλ τον Α στα έτη 1250-1260. Το κτίσμα αυτό που ακόμη και στην εποχή του Σουλτάνου Μωάμεθ του Πορθητή χρησιμοποιούνταν ως εκκλησία, μετά από το 1964 άνοιξε ως μουσείο. Το 2012 παραδόθηκε στην Γενική Διεύθυνση Βακουφίων και το 2013 άνοιξε ως τζαμί. Αλλά μετά από το άνοιγμα της ιστορικής αυτής εκκλησίας ως τζαμί, φέρεται να έχει συμβεί μια μεγάλη καταστροφή.
Ο Εγιούπ Μουχτζού- πρόεδρος επιμελητηρίου αρχιτεκτόνων περιγράφει ως εξής αυτά που έγιναν στο τζαμί : Στην θέση του μουσείου υπάρχει ένα τζαμί χωρίς όμως θρησκευτική κοινότητα. Πέριξ του μουσείου άλλαξε το σχέδιο και κατασκευάστηκαν τουαλέτες και άλλες κατασκευές από μπετόν. Κάποιοι τμήματα τοίχων βάφτηκαν πράσινα. Οι ζωγραφιές στον τρούλο σκεπάστηκαν με ξύλινο παραπέτασμα. Τα μωσαϊκά στο πάτωμα κρύφτηκαν με χαλιά. Μωσαϊκά και αγιογραφίες εκατοντάδων ετών που ήταν στους τοίχους και είχαν διατηρηθεί ως τις μέρες μας καταστράφηκαν. Για να κρεμαστεί κουρτίνα ώστε να ξεχωριστεί ο χώρος για τις γυναίκες, μπήκαν καρφιά στα ιστορικά τοιχώματα¨.
Το τζαμί της Αγίας Σοφίας πριν από την μετατροπή του σε τζαμί, το 2012 το είχαν επισκεφτεί 150.000 τουρίστες και μαζί με το μοναστήρι της Παναγίας Σουμελά ήταν τα πλέον επισκεπτόμενα μέρη της Τραπεζούντας. Ειδικότερα την Αγία Σοφία την επισκέπτονταν ξένοι τουρίστες.
