Ο Γέροντας Ιερομόναχος π. Εφραίμ Κατουνακιώτης ήταν αλλεργικό άτομο. Η ασθένειά του εκδηλώθηκε από 14 ετών σαν σβώλοι άμμου στα μάτια. Την απέκρυψε όμως από τους σχολίατρους φοβούμενος.
Τελειώνοντας το Γυμνάσιο, το 1930, και κατατασσόμενος στον στρατό είχε ήδη μία σοβαρή εκζεματώδη κατάσταση στην άρθρωση του αστραγάλου του δεξιού ποδιού. Του έδωσαν δύο χρόνια αναβολή στράτευσης με την διάγνωση: «Άτονον έλκος, ιατόν διά του χρόνου». Εκμεταλευόμενος την αναβολή ήρθε στο Άγιον Όρος.
Η ασθένεια τον ακολούθησε. Το πόδι είχε διά βίου το πρόβλημα με εξάρσεις, που πολλές φορές επεκτείνονταν και στο υπόλοιπο σώμα. Δοκίμασε πολλά φάρμακα και πολυχρόνιες αυστηρές δίαιτες, αλλά μόνο μια μικρή συντήρηση και ανοχή μπόρεσε να επιτύχει.
Τα τελευταία χρόνια, κατά τα οποία πονούσε από τα έλκη του ποδιού και σχεδόν δεν κοιμόταν, έλεγε μερικές φορές: «Δεν παρακάλεσα τον Θεό να μου πάρει την ασθένια αλλά να μου δίνει υπομονή».
Στα νιάτα του φαίνεται πως έκανε ακόμη μεγαλύτερη υπομονή. Έπρεπε με ένα πόδι που είχε αλγεινή θέα και αλγεινότερη αίσθηση, να πηγαίνει καθημερινώς στην Αγία Άννα, στη θάλασσα, στο βουνό κτλ., για να υπηρετεί ως μοναδικός νέος της συνοδείας τα δύο γεροντάκια, τον παπα-Νικηφόρο και τον γέρο Προκόπιο. Έπρεπε να πλένει, να μαγειρεύει, να ζυμώνει μόνο με τα δάχτυλα, γιατί αλλοίμονο, αν και μία έστω μόνο σταγόνα νερού έπεφτε πάνω στο χέρι, που ήταν καταερεθισμένο και ιχωρώδες [πυώδες] από την ασθένεια. Ένας απελπιστικά αλγεινός στρόβιλος ερεθισμού τον περιτύλιγε ολόκληρο. Απερίγραπτη ταλαιπωρία!
Κάποτε έφθασε στα πρόθυρα του θανάτου. Επρόκειτο μάλλον για αλλεργικό σοκ. Ολόκληρο το σώμα είχε ερεθιστεί. Γεμάτο χονδρές καρούλες (σπυριά) με φοβερή φαγούρα μέχρις αίματος. Το πρόσωπο παραμορφωμένο, με βλέφαρα που έκλειναν κυριολεκτικώς τα μάτια και ρίγη σε όλο το σώμα που γίνονταν όλο και συχνότερα.
Μάλλον γύρω στο ’40-’50 (Γερμανική κατοχή). [Όπως ανέφερε ο Γέροντας]: «Πυρά ομαδόν. Πού να ξέρουμε τότε από Θεσσαλονίκη και γιατρούς! Πήγα στην εκκλησία και στάθηκα στο στασίδι απέναντι στην Παναγία. Τα δάκρυά μου πήγαινα ποτάμι. ‘Παναγία μου’ είπα, ‘μας υποσχέθηκες να είσαι κηδεμών, τροφός και ιατρός. Τώρα, τον λόγο Σου ζητώ’. Έτσι προσευχήθηκα και αμέσως ένιωσα να γεμίζει το βάθος της ψυχής μου μία λεπτήηη ειρήνη.
Η εκκλησία απέχει από το ραφταριό (σημερινό αρχονταρίκι) 10-12 βήματα. Εκεί εργάζονταν οι Γεροντάδες. Μέχρι να πάω εκεί, ένιωσα να πέφτει η φλόγωση από το σώμα μου. Βλέπω τα χέρια μου, το δέρμα σαν μικρού παιδιού. Η Παναγία έκανε το θαύμα της». Έκτοτε η ασθένεια ήταν υποφερτή.
