Η βασιλική του Αγίου Αχιλλείου κτίστηκε μετά το 983 μ.Χ. ή το 986 μ.Χ., από τον τσάρο των Βουλγάρων Σαμουήλ, με σκοπό να στεγάσει το σκήνωμα του Αγίου Αχιλλείου, επισκόπου Λαρίσης, το οποίο είχαν μεταφέρει από τη Λάρισα τα βουλγαρικά στρατεύματα, μετά την κατάληψη της θεσσαλικής πόλης.
Ο ναός ιδρύθηκε ως επισκοπικός, προκειμένου να στεγάσει την έδρα του βουλγαρικού πατριαρχείου για ένα σύντομο διάστημα, μετά τη μεταφορά του από την Έδεσσα. Μετά την παλινόρθωση της βυζαντινής κυριαρχίας στην περιοχή, από το 1018 π.Χ. και εξής, ο ναός λειτούργησε ως επισκοπικός έως τις πρώτες δεκαετίες του 15ου αιώνα.
Πρόκειται για μια τρίκλιτη ξυλόστεγη μεσοβυζαντινή βασιλική με νάρθηκα. Το δάπεδο του ναού είναι στρωμένο από με λίθινες πλάκες.
Στο μοναστήρι σώζεται τάφος, πιθανώς του Αγίου Αχιλλείου, ενώ στο νότιο κλίτος υπάρχουν άλλες τέσσερεις μαρμάρινες λάρνακες που φιλοξενούσαν οστά.
Αυτοί οι τάφοι απέδωσαν πολύ αξιόλογα ευρήματα, που χρονολογούνται στο 10ο μ.Χ. αιώνα και έδωσαν λαβή για πολλές υποθέσεις σχετικά με τους κατόχους τους, που θα πρέπει να ήταν σημαντικές προσωπικότητες.
Όλος ο χώρος νότια και δυτικά της βασιλικής χρησιμοποιήθηκε ως κοιμητήριο του βυζαντινού οικισμού από το 12ο έως τις αρχές του 15ου μ.Χ. αιώνα.
Τα λίγα λείψανα του τοιχογραφικού διακόσμου του κατανέμονται σε δύο φάσεις, οι οποίες φαίνεται πως συμβαδίζουν με τις αντίστοιχες ανακαινίσεις του ναού. Οι μορφές των στρατιωτικών αγίων, της Παναγίας και ενός αγγέλου, έργα του 12ου μ.Χ. αιώνα, αποκολλήθηκαν και εκτίθενται στο Μουσείο της Φλώρινας.
