Δεν είναι αθώα η απόφαση του ΣτΕ σύμφωνα με κύκλους της Αρχιεπισκοπής. Όπως πληροφορηθήκαμε από την ιστοσελίδα newspost.gr της 14ης Οκτωβρίου 2018:
«Ο Αρχιεπίσκοπος τους κατήγγειλε (Φίλη, Κατρούγκαλο, Σκουρλέτη) ευθέως στον Πρωθυπουργό ότι με ενέργειές τους -έμμεσες και φανερές- προσπαθούν να διεμβολίσουν το ισχύον καθεστώς στην Εκκλησία της Ελλάδος με τις λεγόμενες Μητροπόλεις τών Νέων Χωρών και να αποδυναμώσουν εντελώς τον ρόλο της… Η Αρχιεπισκοπική πλευρά ισχυρίζεται ότι η υλοποίηση του σχεδίου αυτού άρχισε με το κτήμα Προμπονά.
Η απόφαση του ΣτΕ με την οποία αποσφραγίστηκε ο Ναός, δίνει εμμέσως την δικαιοδοσία στο Οικουμενικό Πατριαρχείο για ένα ναό που ευρίσκεται εντός της ελληνικής επικρατείας επί της οποίας τα πλήρη δικαιώματα μέχρι τώρα επί των Εκκλησιαστικών πραγμάτων έχει η Αυτοκέφαλη Εκκλησία της Ελλάδος… Η απόφαση αυτή είναι επωφελής όχι μόνο για το Οικουμενικό Πατριαρχείο (η τα δύο πρεσβυγενή Πατριαρχεία Αλεξανδρείας και Ιεροσολύμων που έχουν ήδη Ναούς στην Αθήνα) αλλά και για άλλες Εκκλησίες οι οποίες μάλιστα αποτελούν εθνικό κίνδυνο για την Ελλάδα. Και αυτό αναφέρεται στα Σκόπια. Τι θα συμβεί αν ζητήσουν να ιδρύσουν Εκκλησίες στην Φλώρινα οι Σκοπιανοί;
Η πλευρά της Αρχιεπισκοπής ισχυρίζεται ότι η απόφαση αυτή του ΣτΕ δεν είναι αθώα. Και τούτο διότι η εισηγήτρια του Δ τμήματος που ασχολήθηκε με το θέμα αυτό, κατά τους νομικούς της Ι. Αρχιεπισκοπής (για να μειώσουν, ίσως, την δική τους ευθύνη και να αποκρύψουν την δική τους ανεπάρκεια) κατάγεται από την Κωνσταντινούπολη και της ανετέθη το έργο αυτό από τον παραιτηθέντα Πρόεδρο του ΣτΕ, ύστερα από πιέσεις που άσκησε Μητροπολίτης του Οικουμενικού Πατριαρχείου που κινεί τα νήματα παρασκηνιακά».
