Να ακυρωθούν ως αντισυνταγματικά τμήματα του Προεδρικού Διατάγματος που αφορούν το νέο οργανισμό του υπουργείου Παιδείας, ζητά η Εκκλησία της Ελλάδος με προσφυγή που κατέθεσε στο ΣτΕ.
Ο νέος οργανισμός καθορίζει τους σκοπούς, τους στόχους και τις αρμοδιότητες του υπουργείου Παιδείας με μήλον της έριδος άρθρο που αφαιρεί από την αποστολή του υπουργείου Παιδείας την «ανάπτυξη της θρησκευτικής συνείδησης», ενώ παράλληλα η Εκκλησία υποστηρίζει πως περιορίζει το δικαίωμα της στην αυτοδιοίκηση.
Όπως αναφέρει η Εκκλησία της Ελλάδος το υπουργείο Παιδείας αφαιρεί τη θρησκευτική αγωγή των νέων από την αποστολή του υπουργείου ενώ σύμφωνα με το Σύνταγμα η «κρατική αποστολή της θρησκευτικής εκπαίδευσης των νέων αφορά σε μείζονα βαθμό τα μέλη της Εκκλησίας της Ελλάδος».
Επιπλέον υπογραμμίζει πως παραβιάζουν τόσο το Σύνταγμα, όσο και την Ευρωπαϊκή Σύμβαση Δικαιωμάτων του Ανθρώπου (ΕΣΔΑ), οι διατάξεις εκείνες του νέου οργανισμού που περιορίζουν το δικαίωμα αυτοδιοίκησης επί των εσωτερικών ζητημάτων της Εκκλησίας της Ελλάδος και των νομικών προσώπων που αυτή εποπτεύει. Μάλιστα, διευκρινίζεται στην αίτηση ακύρωσης, ότι οι νέες ρυθμίσεις θεσπίζουν κρατική εποπτεία και αποδίδουν αρμοδιότητες στην υπό σύσταση Γενική Γραμματεία Θρησκευμάτων του υπουργείου Παιδείας για την άσκηση εποπτείας και συνδιοίκησης στην Εκκλησία της Ελλάδος επί θρησκευτικών και εκκλησιαστικών ζητημάτων.
