Ο καθιερωμένος αγιασμός του Πανεπιστημίου Νεάπολις Πάφου τελέστηκε το Σάββατο 19 Οκτωβρίου 2013 με πρωτοβουλία του Τμήματος Θεολογικών Σπουδών, από τον θεοφιλέστατο επίσκοπο Αρσινόης κκ. Νεκτάριο, στην παρουσία του σεβασμιότατου Μητροπολίτη Αρκαλοχωρίου, Καστελλίου και Βιάννου, καθηγητή του Αριστοτελείου Πανεπιστημίου Θεσσαλονίκης, κκ. Ανδρέα. Στην τελετή παρευρέθηκε ο Πρόεδρος του Συμβουλίου του Πανεπιστημίου Μιχαήλ Γ. Λεπτός, καθηγητές και φοιτητές.
Αξίζει να σημειωθεί ότι υπό τη σεπτή ευλογία του Οικουμενικού Πατριάρχη κκ. Βαρθολομαίου, εκείνη του σεβασμιοτάτου Αρχιεπισκόπου Κρήτης κκ. Ειρηναίου καθώς και των μελών της Ιεράς Συνόδου της Κρήτης, με την έναρξη του εκκλησιαστικού ενιαυτού λειτούργησε στο Νεάπολις Τμήμα Μεταπτυχιακών Θεολογικών Σπουδών για σπουδαστές προερχόμενους εκ Κρήτης και της λοιπής Ελλάδος.
Στο Πρόγραμμα αυτό γίνονται δεκτοί πτυχιούχοι των Θεολογικών Σχολών, της ημεδαπής ή αλλοδαπής, αλλά και εκείνοι των Ανωτάτων Εκκλησιαστικών Θεολογικών Ακαδημιών, των Παιδαγωγικών Τμημάτων των Πανεπιστημίων καθώς και των Ανθρωπιστικών και λοιπών Επιστημών. Το Πρόγραμμα έχει αξιολογηθεί, από ειδικά συσταθείσα από την Κυπριακή Πολιτεία Επιτροπή, ως άριστο. Η λειτουργία του έχει ανατεθεί σε επιλεγμένα μέλη του Ακαδημαϊκού δυναμικού της Θεολογίας, εγνωσμένης επιστημονικής διαδρομής, των Θεολογικών Σχολών Αθηνών και Θεσσαλονίκης.
Η διάρκεια της σπουδής εκτείνεται σε 4 εξάμηνα και διδάσκονται, στο σύνολο, 10 μαθήματα, με πλήρη ανταπόκριση στις υπό του νόμου προβλεπόμενες προϋποθέσεις για την ολοκλήρωση μεταπτυχιακών σπουδών και κάλυψη των απαραίτητων ECTS.
Το Πανεπιστήμιο έχει την αναγνώριση από το ΔΟΑΤΑΠ και το αντίστοιχο στην Κύπρο ΚΥΣΑΤΣ. Είναι σημαντικό το γεγονός ότι η Κύπρος ίδρυσε και λειτούργησε, στην επί έτη απομονωμένη περιοχή της Πάφου, όχι μόνο Πανεπιστήμιο, αλλά ενσυνείδητα παραχώρησε το έδαφός της για καλλιέργεια των Θεολογικών σπουδών, αποβλέποντας στη συνέχιση της παραγωγής ολοκληρωμένων, κατά το δυνατό, υψηλού επιπέδου προϊόντων πολιτισμού, δικαιώνοντας την επιλογή της ως πολιτιστικής πρωτεύουσας για το έτος 2017.
Πρόεδρος του Επιστημονικού Συμβουλίου είναι ο τ. Κοσμήτορας και τ. Πρόεδρος της Θεολογικής Σχολής Θεσσαλονίκης, καθηγητής Χρήστος Οικονόμου και Διευθυντής του Προγράμματος ο έγκριτος Ομότιμος Καθηγητής και τ. κοσμήτορας του Α.Π.Θ., Νίκος Ζαχαρόπουλος.
