Μετά το ξέσπασμα της Ελληνικής Επανάστασης, ο Σουλτάνος, υπό την πίεση ακραίων μουσουλμανικών διαδηλώσεων κατά των Ελλήνων, ζήτησε από τον Σεϊχουλισλάμη Χατζή Χαλίλ να εκδώσει διαταγή (φετφά), σχετικά με τη γενική σφαγή των Ελλήνων της Κωνσταντινούπολης.
Ο Χατζή Χαλίλ, ύστερα από διαβουλεύσεις με τον Γρηγόριο, ο οποίος του ξεκαθάρισε πως…
ο ίδιος και το Γένος ήταν αμέτοχοι στην επανάσταση, και βασιζόμενος σε ένα εδάφιο του Κορανίου, αρνήθηκε να εκδώσει τη φετφά τoυ Σουλτάνου, ο οποίος εξοργισμένος τον τιμώρησε με θάνατο και θεώρησε υπεύθυνο και τον Γρηγόριο Ε’.
Mετά τη λειτουργία του Πάσχα (10 Απριλίου 1821) ο Γρηγόριος συνελήφθη, κηρύχθηκε έκπτωτος και φυλακίστηκε. Το απόγευμα της ίδιας μέρας απαγχονίστηκε στην κεντρική πύλη του Πατριαρχείου, όπου παρέμεινε κρεμασμένος για τρεις ημέρες, εξευτελιζόμενος από τον όχλο.
Η κεντρική πύλη του Πατριαρχείου, όπου απαγχονίστηκε ο Γρηγόριος Ε΄, παραμένει κλειστή και σφραγισμένη μέχρι και σήμερα, σε ένδειξη τιμής. Στο Πατριαρχείο εισέρχεται κανείς έκτοτε μόνο από τις πλάγιες πύλες.
){kind=link}