По преданию Афонский монастырь в его нынешнем виде создан около 972—985 годов тремя богатыми и знатными людьми: Афанасием, Николаем и Антонием.
Они приняли монашество и стали учениками преподобного Афанасия Афонского, который отправил их жить на то место где сейчас стоит Ватопед.
Они прибыли сюда жить монашеской жизнью во времена св. Афанасия Афонского, основателя Великой Лавры. Во втором Типиконе (1045 г.) Ватопед занимал среди святогорских монастырей 2-е место, которое он сохранил и на сегодняшний день.
В XII и XIII столетиях свв. Савва и Симеон, самые чтимые сербские святые, были монахами Ватопеда. Среди многих пожертвований, сделанных монастырю в XIV в. сербским государем Стефаном Душаном, упоминается деревня Агиос Мам. В следующем столетии другие сербские правители продолжили благочестивую практику пожертвований монастырям.
В величественной хронологии Ватопеда есть трудные времена насилия и мародерства каталонских пиратов (1307 г.) и турок. Однако эти бедствия в конечном итоге не помешали дальнейшему процветанию монастыря. Напротив, в разные времена монастыри: Халкей, Вериот, Иеропатор, Калец, св. Димитрия, Ксистр, Триполит и Трохал вошли в число его владений. Византийские императоры не были чрезмерно великодушны по отношению к обители. В поствизантийские времена даже западные властители прославили себя защитой монастыря. Именно здесь открылась знаменитая Афонская академия, которая давала образование в трудные дя Греции времена
Главный собор монастыря освящен во имя Благовещения Пресвятой Богородицы и был построен в Х столетии. Его самые старые фрески (закрашенные в XVIII и XIX вв.) восходят к XIV в. Ватопед имеет 12 храмов внутри и 19 – вне территории, пять из которых пристроены к собору. Колокольня монастыря относится к 1427 п и считается самой древней на Святой Горе.
В истории Ватопеда часто чередовались Уставы монашеского жития: общежитийный (киновия) сменялся своекоштным (при котором каждый из монахов жил на самообеспечении). В 1989 г. Ватопед вернулся к первоначальному Уставу киновии.
Главный собор монастыря (X век) освящён в честь Благовещения Пресвятой Богородицы, поэтому престольный праздник монастыря 25 марта по юлианскому календарю (7 апреля по новому стилю). Кроме соборного храма в обители еще шестнадцать параклисов (небольших церквей).На Святой Горе монастырю принадлежат два скита, они посвящены святому Димитрию и апостолу Андрею Первозванному (или русский Андреевский скит в Карее) и двадцать семь келий, также имеются подворья за пределами Афона.
В 1743-1759 годах здесь существовала знаменитая Афонская академия.Библиотека монастыря одна из богатейших на Афоне и содержит приблизительно 2000 рукописей и более 35 000 печатных книг.
В монастыре хранится часть Животворящего Креста Господня, честной пояс Пресвятой Богородицы – Просите и дастся вам
Здесь есть много св. мощей в отдельных частях: голова св. Георгия Богослова, голова св. Андрея Критского; нога св. Апостола Варфоломея; части св. мощей св. великомученника Феодора Стратилата; стопа ножная до великой кости св. Параскевы Римляныни; часть св. мученика Кирика; часть от головы св. мучеников Сергея и Вакха; часть головы священномуч. Харалампия; часть от правой руки священномуч. Ермолая; часть правой ноги св. великомуч. Пантелеимона; часть руки св. муч. Трифона; часть руки св. Иоанна Милостивого; часть от плеча св. Архидиакона Стефана; часть руки св. муч. Марины; головной череп нового чуд. Евдокима; часть головы св. Модесиа и честное миро св. великомуч. Димитрия Солунского.
